De 1993 à à 2010, la FSU a connu 5 secrétaires Généraux dont une femme, et une courte période avec deux co-secrétaires généraux.
1993- 1999 : Michel Deschamps
1999-2000 : Monique Vuaillat et Daniel LeBret – CO-SG
2000-2001 : Monique Vuaillat et Pierre Duharcourt – CO-SG
2001-2010 : Gérard Aschieri